Проблема заключается в том, что обширные территории, находящиеся в распоряжении АЭХ, существенно ограничивают развитие местных поселений. Изначально созданное как научная база, хозяйство со временем переориентировалось на сельское хозяйство, однако его деятельность перестала быть значимой для района.
Конфликт между местными жителями и экспериментальным хозяйством тянется более десяти лет. Жители утверждают, что границы населенных пунктов были неправильно определены в начале 2010-х годов, когда АЭХ проводило межевание земель, якобы полагаясь лишь на спутниковые снимки. В результате, границы земельных участков разделили целые дома, а также лишили местных жителей возможности использовать сенокосы и пастбища, которые оказались в собственности АЭХ.
Правительство Республики Алтай не первый год добивается передачи неиспользуемых земель в ведение республики или муниципалитетов. В прошлом году наметились подвижки: глава региона Андрей Турчак достиг договоренности с Министерством науки и высшего образования и руководством ТГУ о передаче излишних земель для социальных нужд и сельскохозяйственных предприятий.
Однако руководство Алтайского экспериментального хозяйства, ставшего подразделением ТГУ, начало действовать вопреки достигнутым соглашениям. В середине января представители хозяйства начали собирать подписи местных жителей под обращением к ректору ТГУ, с просьбой не допустить передачу земель республике. По их мнению, участки могут быть переданы частным инвесторам, и местные жители не получат выгоды. Тем не менее, инициатива АЭХ не нашла широкой поддержки. Жители села Мухор-Черга записали видеообращение к республиканским властям, заявив о своем несогласии с содержанием письма и подчеркнув, что не собираются его подписывать. По словам местных жителей, они испытывают трудности из-за невозможности получить земли для ведения хозяйства, в то время как АЭХ предъявляет несправедливые условия аренды.
В свою очередь, правительство региона расценивает действия АЭХ по сбору подписей как провокацию. Глава Минэкономразвития Республики Алтай Сергей Боровиков заявил, что переговоры о передаче земель продолжаются и планируется завершить этот процесс. Заместитель Боровикова, Кирилл Мандрыгин, сообщил, что предварительные переговоры с Росимуществом уже состоялись, и правительство разрабатывает дорожную карту для скорейшей передачи земель.
Мандрыгин отметил, что у правительства есть значительные социальные обязательства, в том числе перед участниками СВО, которым по возвращении необходимо выделить земли для строительства жилья и ведения сельского хозяйства. Он также подчеркнул, что развитие ряда населенных пунктов Шебалинского района сдерживается из-за земельных владений АЭХ. По его словам, работа по снятию арестов и регистрации бессрочного пользования землей за Томским государственным университетом уже ведется. Мандрыгин признал, что возникают трудности, поскольку никто не хочет отдавать землю, но заверил, что правительство намерено довести эту работу до конца и предоставить землю людям.
На встречах с населением поднимался вопрос о том, что нужно передать не 11 тысяч гектаров, а куда большую площадь, учитывая потребности и перспективы развития поселений. Правительство запросило у ТГУ актуализированный перечень участков, увеличив его на 6,7 тысяч гектаров. Кроме того, местные жители выразили беспокойство по поводу судьбы лесных участков, которые находятся в ведении АЭХ и нуждаются в охране от пожаров.
Местные жители не стремятся к полному упразднению АЭХ, но хотят, чтобы хозяйство учитывало их интересы и способствовало развитию района. Однако, по словам главы Шебалинского района Ларисы Андреевой, власти фиксируют сокращение поголовья скота, что свидетельствует о снижении интереса АЭХ к сельскому хозяйству.
Предположение о том, что АЭХ отходит от сельскохозяйственной деятельности, подтверждают и заявления рек тора ТГУ Эдуарда Галажинского о планах привлечь к освоению земель партнеров, включая «АФК-Система» и Сбер, для создания RnD-центра по биотехнологиям и развития научного туризма. В правительстве Республики Алтай выразили недоумение по поводу таких планов, заявив о возможном нецелевом использовании активов университета.
В настоящее время правительство Республики Алтай ждет разъяснений от ТГУ относительно планов использования земель АЭХ. «Банкфакс» со своей стороны также направил запрос в Томский госуниверситет, чтобы уточнить ситуацию. Разрешение этого земельного конфликта имеет важное значение для социально-экономического развития Шебалинского района