Владимир Баварин погиб в автокатастрофе 22 февраля 2003 года около села Манжерок в Республике Алтай. Баварина до сих пор называют народным мэром, в честь него назвали площадь в районе Речного вокзала, где стоит Часовня князя Владимира.
После Баварина в мэрское кресло на 7 лет сел Владимир Колганов. Его работа сопровождалась конфликтами с администрацией края, поскольку при нем сменилось сразу три губернатора. Сначала был Александр Суриков, затем Михаил Евдокимов, а после него Александр Карлин. Именно Карлину не нравился мэр Колганов. Губернатор в 2005 году обвинил его в плохой работе, а в 2009-м публично отчитал за отсутствие горячей воды в поселке Южном. В 2009-м же на Колганова завели первое дело по обвинению в халатности и злоупотреблении должностными полномочиями. После обыска в его доме у мэра случился сердечный приступ, и он на месяц лег в больницу.
В августе 2010 году губернатор Карлин снял Колганова с должности «В связи с неоднократными, установленными судом фактами совершения главой города Барнаула действий (бездействия), влекущих нарушение конституционных норм, прав и свобод человека и гражданина, единства правового и экономического пространства Российской Федерации, и непринятием указанным лицом мер по исполнению решений судов».
27 августа 2010 года Александр Карлин назначил врио руководителя горадминистрации первого заместителя главы по градостроительству и земельно-имущественному комплексу Игоря Савинцева. 22 декабря Савинцев избавился от приставки «врио» и пробыл в должности до августа 2015 года, тоже лишившись полномочий из-за уголовного дела по факту злоупотребления должностными полномочиями.
Дело Савинцева стало одним из самых громких региональных скандалов. Сначала к нему в кабинет пришли федеральные журналисты и обвинили в бездействии, из-за чего мог обрушиться многоквартирный дом по улице Смирнова, как это произошло с похожим зданием на ул. Эмилии Алексеевой. Затем раскрылась мошенническая схема, по которой Савинцев за копейки дал в аренду себе и своим сыновьям городскую землю, из-за чего бюджет Барнаула недосчитался более 60 млн рублей.
После отставки Савинцева на четыре месяца город возглавил его заместитель Петр Фризен, но полноценным главой он так и не стал. И в декабре 2015-го в кресло мэра сел Сергей Дугин, бывший тогда начальником краевого управления по труду и соцзащите.
