Структура будет взаимодействовать с военным комиссариатом, органами по борьбе с экстремизмом, наркоманией, а также с аппаратом полпреда президента РФ в СФО. Еще в ее функции входит мониторинг исполнения поручений президента и кураторства в отношении казачьих обществ.