Как пишет Telegram-канал «Лысый Бурундук» со ссылкой на достоверные источники из правоохранительных органов, Бондаренко проходит в числе подозреваемых по ч. 2 ст. 285.1 УК РФ (нецелевое расходование бюджетных средств группой лиц по предварительному сговору). Уголовное дело связано с благоустройством пляжа на озере Манжерок. Якобы деньги из федерального бюджета были потрачены на расширение детского оздоровительного лагеря, подведомственного Республиканскому центру туризма, отдыха и оздоровления Минобра, а позже земля и имущество вышли из ведения ведомства и были передана в аренду.
Однако, в СУ СКР по Республике Алтай ИА «Банкфакс» пояснили, что официальных комментариев в интересах следствия по этому делу не дают. Производство действительно возбуждено, но по другой статье уголовного кодекса.
Алексей Бондаренко покинул кресло регионального Минобра в декабре 2019 года во время формирования нового правительства Республики. Сейчас он работает Горно-Алтайском государственном университете в должности проректор по непрерывному образованию Горно-Алтайского государственного университета.